1 czerwca 2000 roku Agencja Prywatyzacji w imieniu Skarbu Państwa sprzedała pakiet 1.122 udziałów (55,3% kapitału zakładowego) prywatnej firmie NAVESA. Plany działalności NAVIMOR koncentrują się na: handlu i pośrednictwie w eksporcie statków morskich i taboru śródlądowego, wyposażenia okrętowego, łodzi i jachtów. Kontynuowana będzie realizacja produkcji okrętowej na eksport, prowadzenie finansowania dostaw i produkcji eksportowej.

Z wykonywania monopolu państwa w prowadzeniu handlu zagranicznego NAVIMOR korzystał do 1988 roku. Rozpoczęta w 1990 roku reorganizacja działalności umożliwiła powstanie kilkunastu firm - wyspecjalizowanych biur handlowych działających jako agenci i brokerzy dla stoczni i armatorów. Stocznie remontowe, wcześniej odcięte od klientów - zagranicznych armatorów, przejęły samodzielne prowadzenie spraw handlowych oraz część pracowników.
Pojawienie się znanego firmowego znaku NAVIMOR w kilkunastu nowych - prywatnych już firmach było znakomitym handicapem w zdobywaniu nowych klientów.
NAVIMOR rozwinął współpracę z bankami, wprowadził na szeroką skalę praktykę zabezpieczenia się banków na statkach w budowie. Tworzenie spółek zadaniowych, wyodrębnianie finansowania budowy statku z finansowania całej stoczni i nadzory techniczno-finansowe na zlecenie banków w stoczniach to kolejne nowe usługi NAVIMOR.

W 1984 roku Skarb Państwa wniósł majątek przedsiębiorstwa państwowego PHZ NAVIMOR do spółki prawa handlowego. W zamian za wniesiony aport, w powstałej spółce z ograniczoną odpowiedzialnością Skarb Państwa objął 51% udziałów. Pozostałe udziały objęte zostały przez stocznie remontowe, stocznie rzeczne, stocznie jachtowe, biura projektowe gospodarki morskiej oraz inne podmioty działające w gospodarce morskiej.

Przedsiębiorstwo Handlu Zagranicznego NAVIMOR powstało 1 stycznia 1971 roku poprzez wyłączenie Biura Eksportu i Importu Remontów Statków, Taboru Śródlądowego i Jachtów z innego państwowego przedsiębiorstwa handlu zagranicznego.